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外国語で書かれた日本研究図書および訳書を、本センターでは「外書」と呼び、その網羅的収集を行っています。
財団法人野間科学医学研究資料館（平成15年に閉館）から蔵書の寄贈を受け、本センターで「野間文庫」 として利用に供しています。
16世紀の解剖学書等、西洋医学の古典的著作を数多く揃えています。
日本医学史・薬学史の研究ですぐれた業績を残した故宗田一氏の旧蔵書の寄贈を受け、本センターで「宗田文庫」 として利用に供しています。
日本医療文化史の研究に重要な役割を果たす書籍の他、 一枚物の画像資料や古地図も貴重な資料として注目されています。
元日本大学理工学部教授で、物理学史・近代科学史研究において大きな功績を残した廣重徹氏の旧蔵書の寄贈を受け、本センターで利用に供しています。
牧師であり著名な聖書学者でもあった、同志社大学名誉教授・高橋虔（たかはし まさし）氏が所蔵していた図書。約5200冊。昭和期のキリスト教関係資料及び文献のコレクションで、聖書の邦語翻訳、聖書学や日本プロテスタント教会史関連の資料が充実しています。氏の息子であり、当センターで教授を務めていた高橋悠氏により寄贈されました。
日本労務管理史・日本的経営論の分野で優れた業績を残した、早稲田大学名誉教授・間宏（はざま ひろし）氏が所蔵していた図書。約1万500冊。労働関係の図書・文献のコレクションで、一般図書、戦前の労働関係資料、雑誌・新聞・年鑑類、工場概要や就業案内などの特殊文献、洋書に分けられます。
造園家・林学者で京都大学名誉教授の岡崎文彬（おかざき あやあきら）氏が所蔵していた資料。庭園関係の図書約800冊と、写真約7万コマがあります。
1997〜2003年まで、当センターで教授を務めた赤澤威（あかざわ たける）氏により寄贈されました。考古学関係の図書約3000冊からなるコレクション。
地理学史の分野に名を残した、大阪大学名誉教授・海野一隆（うんの かずたか）氏が所蔵していた図書。古地図関係の蔵書で、約3400冊に及びます。
当センター名誉教授・山田慶児（やまだ けいじ）氏により寄贈されました。東アジア科学史を専門とした氏の蔵書のうち、暦算関係の和書100点を所蔵しています。
吉林省の公文書館である、吉林省档案館所蔵のマイクロフィッシュ549点4196枚。吉林省以外の満州国中央の資料で、官吏管理名簿、警察概要、法令集、統計などを含みます。
一般の公立図書館や大学では収拾することが困難な民俗学資料の保存を目的として収集されています。近世以前の古典籍、寺社史誌、郷土史誌が中心となっており、約470点あります。
2005年(平成17年)3月に閉館した、日中歴史研究センターが所蔵していた資料。近代日中関係史に関するものが多く、約3万8000冊を所蔵しています。
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